Né en 1966, Audrius Stonys a étudié le cinéma à l'Académie de Musique et de Théâtre de Vilnius, sous la direction de Henrikas Šablevicius, inventeur du documentaire poétique lituanien dans les années 1960, dont il est sans doute le plus important héritier.
La European Film Academy lui remet le prestigieux prix "Felix" – distinguant chaque année le meilleur documentaire – pour son véritable premier film, "Earth of the Blind" (1992). Également tournés en pellicule, ses œuvres suivantes, telles que "Flying Over the Blue Field" (1996) ou "Alone" (2001), explorent les thèmes métaphysiques qui lui sont familiers : attention portée aux microcosmes, à la solitude des êtres, au passage du temps, à l'invisible, à la mémoire et à l'inéluctable de la disparition, motifs centraux de "Countdown" (2004), "Uku Ukai" (2006), "The Bell" (2007) ou encore "I Walked Through Fire" (2010).
Son esthétique, d'abord marquée par un certain ascétisme, le silence et le plan fixe, s'est enrichie avec le passage à la vidéo numérique, par exemple dans "Ramin" (2011) et "Cenotaph" (2013).
Il a enseigné au Japon, aux États-Unis à Berkeley et à Stanford, ainsi qu'à Barcelone.
Depuis 2009, il poursuit son rôle de formateur notamment dans son pays natal (Académie lituanienne de musique et de théâtre, Académie des Beaux-Arts de Vilnius).
En 2018, Audrius Stonys a achevé son 21e film, "Bridges of Time".